Φυσιολογικά θεωρούνται τα ούρα που είναι σχεδόν διάφανα, χωρίς ίχνη στερεών ουσιών ή αίματος. Τα ούρα μπορεί επίσης να είναι ελαφρώς κιτρινωπά και όσο πιο έντονο είναι το χρώμα τους τόσο μεγαλύτερη είναι η συγκέντρωση υπολειμμάτων σε αυτά.
 

Το χρώμα των ούρων θεωρείται κατ’ εξοχήν δείκτης των επιπέδων ενυδάτωσης του οργανισμού. Το σκούρο κίτρινο χρώμα υποδεικνύει χαμηλή πρόσληψη υγρών (μέσω της κατανάλωσης νερού, φρούτων και λαχανικών κ.λπ.) ή σημαντική απώλεια υγρών (π.χ. μέσω της εφίδρωσης).

Εάν τα ούρα έχουν πορτοκαλί χρώμα, αυτό μπορεί να οφείλεται σε κάποια φαρμακευτική αγωγή που έχει χορηγήσει ο γιατρός ή στη διατροφή (π.χ. πολλά καρότα, βατόμουρα, παντζάρια).
Το ροζ ή κόκκινο χρώμα των ούρων μπορεί επίσης να οφείλεται στη διατροφή (κυρίως βατόμουρα και παντζάρια). Η κοκκινωπή απόχρωση στα ούρα μπορεί να υποδεικνύει επίσης την παρουσία αίματος και στην περίπτωση αυτή πρέπει να εξετάζεται από τον γιατρό ώστε να διαπιστωθεί η ακριβής αιτία.

Αρκετά φάρμακα (π.χ. αντιψυχωσικά, αντιβιοτικά, φάρμακα κατά της επιληψίας, καθαρτικά) μπορεί να προσδώσουν στα ούρα καφετί ή πρασινωπή απόχρωση, ενώ μια σπάνια μεταβολική διαταραχή που ονομάζεται πορφυρία συχνά προσδίδει στα ούρα μωβ απόχρωση.

Πέρα από το χρώμα, δύο ακόμη σημαντικές παράμετροι είναι η μυρωδιά και η διαύγεια των ούρων. Τα θολά ούρα μπορεί να υποδεικνύουν, μεταξύ άλλων, αφυδάτωση, ουρολοίμωξη ή παθήσεις των νεφρών (π.χ. πέτρες στα νεφρά), ενώ η πολύ έντονη μυρωδιά των ούρων –εάν δεν οφείλεται στη διατροφή (π.χ. τα σπαράγγια επηρεάζουν τη μυρωδιά των ούρων όταν καταναλώνονται σε μεγάλη ποσότητα) – μπορεί να υποδεικνύει λοίμωξη ή διαβήτη.

Η επίσκεψη στον γιατρό κρίνεται απαραίτητη σε περίπτωση που οι αλλαγές στο χρώμα των ούρων είναι αποτέλεσμα αφυδάτωσης λόγω ασθενείας. Επίσης, πρέπει να αξιολογείται το ροζ/κόκκινο χρώμα των ούρων που δεν μπορεί να αποδοθεί σε κάποια αθώα αιτία, όπως η διατροφή. Τέλος, η συμβουλή του γιατρού είναι απαραίτητη εάν εμφανιστεί μια αλλαγή που δεν υποχωρεί σε διάστημα δύο έως τριών ημερών.