Ανέθεσε και πάλι στον νικητή της Μάχης του Πέτα, Κιουταχή, να καταλάβει την πόλη, συνδυάζοντας αυτή τη φορά την επιχείρηση με την εκστρατεία του Ιμπραήμ στην Πελοπόννησο. Με μια πανίσχυρη στρατιά 20.000 ανδρών, ο Κιουταχής ξεκίνησε από τα Τρίκαλα στα τέλη Φεβρουαρίου του 1825 και στις 15 Απριλίου 1825 έφθασε προ του Μεσολογγίου.
Καθηγητής Στ. Καβαλλιεράκης: Γιατί η επανάσταση του 1821 αποτελεί κομβικό γεγονός για ολόκληρο τον κόσμο
Αμέσως άρχισε την πολιορκία της πόλεως, η οποία μπορεί να χωρισθεί σε δύο περιόδους: α) 15 Απριλίου έως 12 Δεκεμβρίου 1825 και β) 25 Δεκεμβρίου 1825 έως τις 11 Απριλίου 1826. Χωρίς σημαντική βοήθεια από τους υπόλοιπους Έλληνες, λόγω του εμφυλίου πολέμου, και έχοντας να αντιμετωπίσουν υπέρτερες εχθρικές δυνάμεις, οι 12.000 ψυχές του Μεσολογγίου αντιστάθηκαν καρτερικά επί ένα χρόνο. Την οργάνωση της άμυνας ανέλαβε τριμελής επιτροπή υπό τους Ιωάννη Παπαδιαμαντόπουλο, Δημήτριο Θέμελη και Γεώργιο Καναβό.
Η κατάσταση πλέον μέσα στην πόλη είχε φθάσει σε οριακό σημείο. Τρόφιμα δεν υπήρχαν και οι πολιορκούμενοι (γυναίκες, παιδιά, τραυματίες, γέροντες και μαχητές) σιτίζονταν με φύκια, δέρματα, ποντίκια και γάτες! Υπό τις συνθήκες αυτές, που καθιστούσαν αδύνατη την αποτελεσματική υπεράσπιση της πόλης, αποφασίστηκε σε συμβούλιο οπλαρχηγών και προκρίτων στις 6 Απριλίου η έξοδος και ορίστηκε γι’ αυτή, η νύχτα του Σαββάτου του Λαζάρου προς Κυριακή των Βαΐων (9 προς 10 Απριλίου). Νωρίτερα είχαν σκοτώσει τους τούρκους αιχμαλώτους, ενώ στην πόλη παρέμειναν τραυματίες και γέροι.
Οι πληροφορίες για τις απώλειες των Ελλήνων κατά την πολιορκία και την έξοδο είναι αντιφατικές. Πιθανότερο φαίνεται ότι από τους 3.000 που πήραν μέρος στην έξοδο, οι 1.700 έπεσαν ηρωικά μαχόμενοι. Γύρω στα 6.000 γυναικόπαιδα οδηγήθηκαν για να πουληθούν στη Μεθώνη και στα σκλαβοπάζαρα της Κωνσταντινούπολης και της Αλεξάνδρειας. Οι απώλειες για τους τουρκοαιγύπτιους εισβολής ανήλθαν σε 5.000 άνδρες.
