Ο Παύλος Κουντουριώτης, γόνος της ονομαστής φαμίλιας των Κουντουριώτηδων, γεννήθηκε στην Ύδρα στις 9 Απριλίου 1855. Ήταν γιος του πρόξενου της Μάλτας, Θεόδωρου Κουντουριώτη (1824 - 1870) και της Λουκίας Νεγρεπόντη (1831 - 1875) και εγγονός του καραβοκύρη και πολιτικού Γεωργίου Κουντουριώτη (1782- 1858).
Μετά τις εγκύκλιες σπουδές του κατατάχθηκε στο Πολεμικό Ναυτικό το 1874 και φοίτησε στο Ναυτικό Σχολείο, όπως ονομαζόταν τότε η Σχολή Ναυτικών Δοκίμων. Εξήλθε της σχολής το 1877 με το βαθμό του Δοκίμου Α’ και προήχθη διαδοχικά σε ανθυποπλοίαρχο (1881) και υποπλοίαρχο (1884). Όταν κηρύχθηκε η επιστράτευση του 1886 από την κυβέρνηση του Θεόδωρου Δηλιγιάννη, τοποθετήθηκε αρχικυβερνήτης των κανονιοφόρων «Α» και «Β» και εισέπλευσε ανενόχλητος στο στόμιο της Πρέβεζας για να καλύψει τις κινήσεις του ελληνικού στρατού προς Άρτα και τις Ακαρνανικές ακτές από τα δύο τουρκικά πολεμικά πλοία που ήταν προσορμισμένα στον Αμβρακικό Κόλπο.
Το 1895 προήχθη σε πλωτάρχη και τον Φεβρουάριο του 1897 ως κυβερνήτης του ατμομυοδρόμωνα «Αλφειός», από κοινού με το αδελφό πλοίο «Πηνειός» με κυβερνήτη τον πλωτάρχη Iωάννη Μιαούλη, έλαβαν διαταγή να διευκολύνουν τον κατάπλου στα Κρητικά ύδατα του θωρηκτού «Ύδρα» και των άλλων πολεμικών που είχαν αποσταλεί από την ελληνική κυβέρνηση, καθώς και του αποβατικού σώματος υπό τον συνταγματάρχη Τιμολέοντα Βάσσο, μετά τις σφαγές του ελληνικού πληθυσμού της νήσου από τους Τούρκους κατά το έτος εκείνο. Διατάχθηκαν να παραμείνει στη νήσο για να «αντιτάξουν δικαίαν βίαν κατ’ αδίκου βίας έστω και με κίνδυνον καταβυθίσεως τού σκάφους των». Ο Παύλος Κουντουριώτης, όπως και ο Ιωάννης Μιαούλης, αρνήθηκαν να υποκύψουν στις απειλές των Ευρωπαίων ναυάρχων και τήρησαν τις εντολές της ελληνικής κυβέρνησης.
Κατά τον Ελληνοτουρκικό Πόλεμο του 1897, ως κυβερνήτης του «Αλφειός» προσέβαλε τουρκική εγκατάσταση στη Σκάλα Λεπτοκαρυάς Πιερίας, με απώλειες για το πλήρωμα του πλοίου του (11 Απριλίου). Το 1899 προήχθη σε αντιπλοίαρχο και το 1901 ως κυβερνήτης του ευδρόμου «Ναύαρχος Ανδρέας Μιαούλης» εξετέλεσε τον πρώτο εκπαιδευτικό διάπλου του Ατλαντικού από ελληνικό πολεμικό πλοίο. Το 1905 ονομάστηκε υπασπιστής του βασιλιά Γεωργίου Α'. Το 1909 προήχθη σε πλοίαρχο, διετέλεσε κυβερνήτης του θωρηκτού «Ύδρα», στάλθηκε στην Αγγλία για να παραλάβει το νεότευκτο θωρακισμένο καταδρομικό «Γεώργιος Αβέρωφ» (1911). Από τις 5 Μαΐου έως την 1η Αυγούστου 1912 διετέλεσε αρχηγός του Γενικού Επιτελείου Ναυτικού.
Λίγο πριν από την κήρυξη του Α’ Βαλκανικού Πολέμου τοποθετήθηκε αρχηγός του Στόλου του Αιγαίου (19 Σεπτεμβρίου 1912), τον οποίο αποτελούσαν σχεδόν όλες οι ελληνικές ναυτικές δυνάμεις. Στις 5 Οκτωβρίου 1912, ημέρα που ο ελληνικός στόλος απέπλευσε από τον Φαληρικό Όρμο, ο Παύλος Κουντουριώτης προήχθη σε υποναύαρχο. Μία από τις πρώτες ενέργειες ήταν η κατάληψη της Λήμνου, όπου και εγκατέστησε τη βάση του ελληνικού στόλου στον όρμο του Μούδρου. Η επιλογή της Λήμνου ως προκεχωρημένης βάσης και η ταχεία κατάληψή της συνέβαλαν στην εξασφάλιση της ελληνικής κυριαρχίας στο Αιγαίο, στον αποκλεισμό των εχθρικών παραλίων και στην παρεμπόδιση της μεταφοράς τουρκικού στρατού με πλοία στη Μακεδονία και τη Θράκη.
Ο Στόλος τοη Αιγαίου κατέλαβε διαδοχικά όλα τα νησιά του Ανατολικού Αιγαίου, με εξαίρεση τα Δωδεκάνησα που ανήκαν στην Ιταλία και κατανίκησε τον τουρκικό στόλο στις αποφασιστικές ναυμαχίες της Έλλης (3 Δεκεμβρίου 1912) και της Λήμνου (5 Ιανουαρίου 1913). Κατά τον Β’ Βαλκανικό Πόλεμο, στον οποίο η Ελλάδα βρέθηκε αντιμέτωπη με τη Βουλγαρία, ο Παύλος Κουντουριώτης, ως αρχηγός του στόλου, έλαβε μέρος σε επιχειρήσεις στα θρακικά παράλια.
Λίγο προτού λήξει ο Β' Βαλκανικός πόλεμος, ο Παύλος Κουντουριώτης προήχθη σε αντιναύαρχο (25 Μαΐου 1913) «δι’ εξαιρετικάς εν πολέμω υπηρεσίας». Υπήρξε, έτσι, ο πρώτος αξιωματικός του πολεμικού ναυτικού που έλαβε το βαθμό αυτό «εν ενεργεία», μετά τον Κωνσταντίνο Κανάρη (23 Απριλίου 1865). Παρέδωσε την αρχηγία του στόλου στις 17 Αυγούστου 1914 και την άσκησε εκ νέου μεταξύ 9 Ιουλίου και 24 Σεπτεμβρίου 1915.
Διετέλεσε υπουργός των Ναυτικών στις κυβερνήσεις Αλέξανδρου Ζαΐμη και Στέφανου Σκουλούδη (24 Σεπτεμβρίου 1915 - 9 Ιουνίου 1916) και γενικός υπασπιστής του βασιλιά Κωνσταντίνου. Διαφώνησε προς την πολιτική της ουδετερότητας που τηρούσε η Ελλάδα και ακολούθησε τον Ελευθέριο Βενιζέλο στα Χανιά και στη Θεσσαλονίκη, όπου διετέλεσε μέλος της τριμελούς Προσωρινής Επαναστατικής Κυβέρνησης (Σεπτέμβριος 1916 - Ιούνιος 1917).
Μετά την απομάκρυνση του βασιλιά Κωνσταντίνου, τη διαδοχή του από τον δευτερότοκο γιο του Αλέξανδρο και την εγκατάσταση στην Αθήνα της κυβέρνησης του Ελευθερίου Βενιζέλου, διορίστηκε υπουργός Ναυτικών (14 Ιουνίου 1917 - 2 Δεκεμβρίου 1919). Με ειδικό νόμο, που εκδόθηκε στις 23 Φεβρουάριου 1920, του απονεμήθηκε ο βαθμός του ναυάρχου «δια τας υψίστας προς το έθνος υπηρεσίας του». Και σε αυτή την περίπτωση υπήρξε ο πρώτος αξιωματικός του πολεμικού ναυτικού που έλαβε το βαθμό του ναυάρχου μετά την Καποδιστριακή περίοδο.
Όταν πέθανε ο βασιλιάς Αλέξανδρος (12 Οκτωβρίου 1920), ο Κουντουριώτης ανέλαβε καθήκοντα αντιβασιλέα με απόφαση της Βουλής (15 Οκτωβρίου 1920). Από τα καθήκοντα αυτά παραιτήθηκε στις 4 Δεκεμβρίου 1920 και την αντιβασιλεία ανέλαβε η βασιλομήτωρ Όλγα, μετά την ήττα Βενιζέλου στις εκλογές της 1ης Νοεμβρίου 1920. Στις 8 Νοεμβρίου 1920, ο Παύλος Κουντουριώτης αποστρατεύτηκε, ύστερα από ευδόκιμη θητεία 46 ετών στο Πολεμικό Ναυτικό.
Μετά την απομάκρυνση του Βασιλιά Γεωργίου Β’, ο Κουντουριώτης ανέλαβε και πάλι τα καθήκοντα του αντιβασιλέα με απόφαση του «Αρχηγού τής Επαναστάσεως» Νικολάου Πλαστήρα (19 Δεκεμβρίου 1923). Όταν, με ψήφισμα της Δ’ Συντακτικής Συνέλευσης, ανακηρύχθηκε η Αβασίλευτη Δημοκρατία στις 25 Μαρτίου 1924, του ανατέθηκε με το ίδιο ψήφισμα η εξακολούθηση των καθηκόντων του ρυθμιστή του πολιτεύματος, με τον τίτλο του «Κυβερνήτη». Από τις 24 Μαΐου 1924 έλαβε το τίτλο του Προέδρου της Δημοκρατίας. Στις 15 Μαρτίου 1926 παραιτήθηκε σε ένδειξη διαμαρτυρίας για την επιβολή δικτατορίας από τον στρατηγό Θεόδωρο Πάγκαλο. Μετά την ανατροπή του Πάγκαλου από τον στρατηγό Κονδύλη, ο Κουντουριώτης ανέλαβε και πάλι την άσκηση των καθηκόντων του Προέδρου της Δημοκρατίας (24 Αυγούστου 1926).
Στις 4 Ιουνίου 1929, εκλέχθηκε σε κοινή συνεδρίαση της Βουλής και της Γερουσίας Πρόεδρος της Δημοκρατίας, κατά το Σύνταγμα του 1927, και ορκίστηκε στις 5 του ίδιου μήνα ενώπιόν τους, αλλά στις 9 Δεκεμβρίου του ίδιου έτους παραιτήθηκε για λόγους υγείας. Η Βουλή και η Γερουσία με κοινό ψήφισμα εκδήλωσαν προς τον απερχόμενο πρόεδρο την «εθνική ευγνωμοσύνη» και του απένειμαν μηνιαία τιμητική σύνταξη 40.000 δραχμών.
Έκτοτε, ο Παύλος Κουντουριώτης αποσύρθηκε ολοσχερώς από τα κοινά και ιδιώτευσε. Πέθανε στο Παλαιό Φάληρο στις 22 Αυγούστου 1935 και τάφηκε, σύμφωνα με επιθυμία του, στη γενέτειρά του Ύδρα. Στις τελευταίες του στιγμές τον συντρόφευε η δεύτερη σύζυγός του Ελένη Κούππα (1876-1957), κόρη ευπορότατου βιομηχάνου και εμπόρου, την οποία είχε νυμφευθεί το 1918. Η πρώτη σύζυγός του Αγγελική Πετροκοκκίνου (1865-1903), κόρη πάμπλουτου Έλληνα της αλλοδαπής, είχε πεθάνει νέα το 1903. Παιδιά απόκτησε από την πρώτη του σύζυγο, τη Λουκία, τη Δέσποινα και τον Θεόδωρο (1898-1953), ο οποίος σταδιοδρόμησε στο Πολεμικό Ναυτικό κι έφθασε μέχρι το βαθμό του αντιναυάρχου, ενώ διετέλεσε υπηρεσιακός υφυπουργός Ναυτικών και Εμπορικής Ναυτιλίας στη βραχύβια κυβέρνηση Πλαστήρα (3 Ιανουαρίου - 8 Απριλίου 1945).
Ο Παύλος Κουντουριώτης, μολονότι αναμίχθηκε στην πολιτική και κατέλαβε προσωρινά ή τακτικά το αξίωμα του ανώτατου άρχοντα της πολιτείας, δεν συμπεριφέρθηκε ποτέ σαν «επαγγελματίας πολιτικός». Παρέμεινε πάντοτε «ο παλαιός ναυτικός» και άσκησε τα καθήκοντά του με απόλυτη τυπικότητα, χωρίς να επεμβαίνει στις πολιτικές διαμάχες.
