Το 1823 όμως, κατά την εκστρατεία του Γιουσούφ Περκόφτσαλη πασά στην Ανατολική Στερεά Ελλάδα, τουρκικός στρατός ανάγκασε τους αριθμητικά λιγότερους Έλληνες να εγκαταλείψουν την κωμόπολη, η οποία κάηκε στις 10 Ιουνίου.

Η Αράχωβα βρέθηκε και πάλι στο επίκεντρο τον Νοέμβριο του 1826, όταν ο Γεώργιος Καραϊσκάκης πραγματοποίησε εκστρατεία στις «προσκυνημένες» περιοχές της Στερεάς Ελλάδας για να αναζωπυρώσει το επαναστατικό πνεύμα των κατοίκων της και να αναγκάσει τον Κιουταχή να στείλει δυνάμεις εναντίον του, εξασθενώντας το στρατόπεδό του στην Αθήνα που πολιορκούσε την Ακρόπολη.

Στις 17 Νοεμβρίου 1826 ο Καραϊσκάκης με τους άνδρες του έφθασε στο Δίστομο, όπου στρατοπέδευσε. Επειδή φοβόταν κατάληψη της Αράχωβας, περιοχής με στρατηγική σημασία, φρόντισε να την καταλάβει, προτού προλάβουν οι Τούρκοι. Από την πλευρά τους, οι Τούρκοι έχοντες πληροφορηθεί την εμφάνιση ελληνικού στρατού στην περιοχή έστειλαν από τη Λιβαδειά τον Μουστάμπεη με 2.000 επίλεκτους Τουρκαλβανούς και 200 ιππείς. Αιφνιδιάστηκαν, όμως, από την κίνηση του Καραϊσκάκη και δεν τόλμησαν να εισέλθουν στην πόλη. Αρκέστηκαν να οχυρωθούν στο ύπαιθρο, σε υψώματα του Παρνασσού γύρω από την Αράχωβα.

Την επόμενη ημέρα, 18 Νοεμβρίου, τμήματα του εχθρού επιτέθηκαν στους Έλληνες, αλλά παρά τις αρχικές του επιτυχίες δεν κατόρθωσαν να ανατρέψουν τις ελληνικές θέσεις. Μάλιστα, ο Μουστάμπεης που παρακολουθούσε τη μάχη από ένα ύψωμα δέχθηκε επίθεση από τα νώτα του και από καθαρή τύχη διέφυγε τον θάνατο. Το βράδυ της ίδιας μέρας βρήκε τους Έλληνες σε πλεονεκτική θέση, έχοντας περισφίγξει τον κλοιό γύρω από τον εχθρό, ο οποίος είχε να αντιμετωπίσει και τις δυσμενείς καιρικές συνθήκες. Ο βοριάς που κατέβαινε από τον Παρνασσό ήταν ανυπόφορος, ενώ έκαναν την εμφάνισή τους και οι πρώτες νιφάδες του χιονιού. Αντίθετα, οι Έλληνες βρίσκονταν σε πλεονεκτικότερη θέση, αφού μπορούσαν, όταν δεν είχαν υπηρεσία, να ζεσταίνονται στα τζάκια της Αράχωβας.

Μέρα με τη μέρα η κατάσταση των Τούρκων γινόταν όλο και πιο δύσκολη. Το κρύο και το χιόνι εμπόδιζε τις κινήσεις τους. Έγιναν τότε προτάσεις στους Έλληνες να τους αφήσουν να φύγουν, με αντάλλαγμα τα ζώα και τις αποσκευές τους. Ο Καραϊσκάκης ζήτησε επιπλέον να παραδώσουν τον οπλισμό τους και να εγκαταλείψουν τα Σάλωνα (Άμφισσα) και τη Λιβαδειά. Οι Τουρκαλβανοί θεώρησαν τους όρους του Καραϊσκάκη εξευτελιστικούς και τους απέρριψαν.

Μη έχοντας άλλη διέξοδο, ο Μουστάμπεης διέταξε τους άνδρες τους να ετοιμαστούν για να επιχειρήσουν έξοδο μέσα από τις ελληνικές θέσεις τη νύχτα της 23ης προς την 24η Νοεμβρίου. Όμως κι ενώ οι προετοιμασίες βρίσκονταν στο τελευταίο στάδιο μία ελληνική σφαίρα τον τραυμάτισε πολύ σοβαρά και προτού αφήσει την τελευταία του πνοή διέταξε τον αδελφό του Καριοφίλμπεη να του κόψει το κεφάλι και να το πάρει μαζί του κατά την έξοδο για να μην τον αποκεφαλίσουν νεκρό ή ζωντανό οι γκιαούρηδες κι ατιμαστεί.

Οι Τουρκαλβανοί ζήτησαν νέες διαπραγματεύσεις, που δεν κατέληξαν σε αποτέλεσμα. Τότε αποφάσισαν να πραγματοποιήσουν την έξοδο. Ήταν μία μετά το μεσημέρι της 24ης Νοεμβρίου 1826, όταν εν μέσω χιονοθύελλας, με τα γιαταγάνια στα χέρια βγήκαν από τα ταμπούρια τους και κατευθύνθηκαν προς τις κορυφές του Παρνασσού. Οι Έλληνες τους αντιλήφθηκαν και όρμησαν κατά πάνω τους με γιαταγάνια και μαχαίρια, καθώς το χιόνι που έπεφτε αχρήστευσε τα όπλα τους.

Η χιονοθύελλα ήταν τόσο δυνατή, ώστε δεν μπόρεσαν να τους καταδιώξουν πέρα από τις τελευταίες πλαγιές τού Παρνασσού. Από τους 1.200 περίπου κατάκοπους Τούρκους που έφθασαν στις κορυφές του βουνού, μόνο 200 μπόρεσαν τελικά να σω­θούν στο μοναστήρι της Ιερουσαλήμ, και από αυτούς οι περισσότεροι με τρομερά κρυοπαγήματα. Οι υπόλοιποι βρήκαν το θάνατο από την παγωνιά. Κατά τη διάρκεια της Μά­χης της Αράχωβας οι Έλληνες είχαν ελάχιστες απώλειες: 4 νεκρούς και 9 ελαφρά τραυματίες.

Την επομένη της μάχης, 25 Νοεμβρίου, ο Καραϊσκάκης, ακολουθώντας το παλαιό φρικιαστικό έθιμο των Τούρκων, έστησε σ’ ένα λόφο, ορατό από το Μαντείο των Δελφών, τρόπαιο σε σχήμα κόλουρου κώνου με 300 κεφάλια των εχθρών του και με την επιγραφή: «Τρόπαιον των Ελλήνων κατά των βαρβάρων Οθωμανών ανεγερθέν κατά το 1826 έτος Νοεμβρίου 24· Εν Αράχωβα». Συγχρόνως, έστειλε στην κυβέρνηση, που έδρευε στην Αίγινα, τα κεφάλια του Μουστάμπεη και του κεχαγιάμπεη, καθώς και 12 αιχμάλωτους τούρκους αξιωματικούς.

Ο Καραϊσκάκης ανήγγειλε τη μεγάλη νίκη στην κυβέρνηση με επιστολή, την οποία υπέγραψαν όλοι οι οπλαρχηγοί και οι αξιωματικοί που πήραν μέρος στη μάχη. Τα ονόματά τους διέσωσε ο αγωνιστής, συγγραφέας και πολιτικός Νικόλαος Σπηλιάδης (1785-1862) και είναι τα εξής, με τη σειρά υπογραφής της επιστολής: Γεώργιος Καραϊσκάκης, Βασίλης Μπούσγος, Σπύρος Μήλιος, Νικήτας Σταματελόπουλος, Γιαννούσης Πανομάρας, Αναγνώστης Ροκάς, Γιάννης Δαγκλής, Νικόλαος Καραμέτσης, Χρήστος Χατζηπέτρος, Χατζή-Μιχάλης Νταλιάνης, Μήτρος Βάγιας, Γαρδικιώτης Γρίβας, Αθανάσιος Κουτσονίκας, Λεόντης Δαγκλής, Παναγιώτης Γαλάνης, Γεώργιος Μαλάμος, Σπύρος Ξύδης, Νικόλαος Μπαρμπιτσιώτης, Δήμος Τσέλιος (Γεροδήμος), Μήτρος Τριανταφύλλου, Κωνσταντίνος Γρίβας, Γεώργιος Βάγιας, Κώστας Νάκος, Τριαντάφυλλος Αποκουρίτης, Κωνσταντίνος Βέρης, Γιάννης Φαρμάκης, Ιωάννης Ρούκης, Νάκος Πανουριάς, Τούλιος Πανομάρας, Κωνσταντίνος Καλύβας, Γεώργιος Δυοβουνιώτης, Γεώργιος Αγαλλόπουλος, Κωνσταντίνος Γιολδάσης, Κομνάς Τράκας, Γιάννος Δούλας, Κολιός Γερονούρης, Αναγνώστης Καναβός, Γιάννης Μπαϊρακτάρης, Πίλιος Τσέχερης, Δημήτριος Μακρής, Πάσχος Κοσμάς, Βασίλειος Αντωνόπουλος, Κώστας Χορμόβας, Κολιός Πασχούλης, Αθανάσιος Χήλιος Αθανάσιος, Γιαννάκης Κίτσος, Κώ­στας Τζαβέλλας, Γιώτας Κάτσης, Γεώργιος Μπαϊρακτάρης, Κίτσος Μπότσαρης Κίτσος, Δούκας, Ιωάννης Μελάς, Χρήστος Μπέκας, Μήτρος Μεσολογγίτης, Μήτρος Μπόκας, Νικόλαος Κάσκαρης, Κίτσος Τσάκος, Βασίλης Αργυροκαστρίτης, Σταύρος Γιωργάκης, Γιωργάκης Λακάς, Γιώργης Σκεδάς, Ναστούλης Δαγκλής, Χρήστος Μακρής, Κωνσταντίνος Πασχάλης, Αθανάσιος. Ζέρβας, Χριστόφορος Περραιβός, Πάνος Δάρος, Αθανάσιος Τρικοχωρίτης, Γιάννος Βαργιαδίτης, Δημήτριος Καλλέργης, Σταύρος Δέβερης, Αναγνώστης Κραβαρίτης, Χρήστος Βάρφης, Γεώργιος Τζαβέλλας, Γιάννης Πιλάλης, Μήτρος Γρουμπογιάννης, Διαμάντης Ζέρ­βας, Λάμπρος Τζαβέλλας, Αν. Στουρνάρης, Γεώργιος Διάκος, Πάνος Τοσούλας, Χαράλαμπος Παπαπολίτης, Λάμπρος Βέικος, Ναστούλης Δίκας, Νικόλαος Δραγαμεστινός, Φωτούσης Φωτομάρας, Νικολός Διάκος,Αναγνώστης Κατσκαμπής, Αθανάσης Δράκος, Γιάννος Περζεκιάς, Αναστάσιος Χορμόβας, Νικόλαος Μπότσαρης, Νάστος Κοντογιάννης και Γεώργιος Ζέρβας.

Η νίκη στην Αράχοβα αναζωπύρωσε την επανάσταση στη Ρούμελη, που βρισκόταν σε κρίσιμο σημείο εξαιτίας των επιχειρήσεων του Κιουταχή και αναπτέρωσε το ηθικό των πολιορκημένων Ελλήνων στην Ακρόπολη της Αθήνας.