Η Α΄ Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου το 1821 και η Γ΄ της Τροιζήνας το 1827 όρισαν τρόπους προσωρινής λειτουργίας της εκκλησιαστικής διοίκησης του αρτισύστατου νεοελληνικού κράτους. Ο κυβερνήτης Ιωάννης Καποδίστριας διόρισε εκκλησιαστική επιτροπή το 1828 και η Δ΄ Εθνική Συνέλευση του Άργους κατέστησε Γραμματεία Εκκλησιαστικών και Δημόσιας Παιδείας.
Ο αρμόδιος για τα Εκκλησιαστικά του Συμβουλίου της Οθωνικής Αντιβασιλείας Μάουρερ το 1833 συγκρότησε κληρικολαϊκή νομοπαρασκευαστική επιτροπή στις 27 Μαρτίου 1833, υπό την προεδρία του Σπυρίδωνα Τρικούπη, με σκοπό την εκπόνηση οριστικού σχεδίου διοίκησης. Βάσει της γνωμοδότησης αυτής της επιτροπής, ο αντιβασιλέας Μάουρερ και ο διαφωτιστής ιερωμένος Θεόκλητος Φαρμακίδης προχώρησαν στη σύνταξη Καταστατικού Χάρτη για τη διοίκηση της Εκκλησίας, ο οποίος όμως δεν επικυρώθηκε ποτέ. Συγχρόνως συνέταξαν κείμενο βασιλικού διατάγματος για την ανακήρυξη του αυτοκεφάλου της Εκκλησίας της Ελλάδος, με την απόσπασή της από την κανονική δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου.
Στις 25 Ιουλίου 1833 επικυρώθηκε από το βασιλιά Όθωνα το βασιλικό διάταγμα με τον τίτλο «Διακήρυξις περί της Ανεξαρτησίας της Εκκλησίας της Ελλάδος» και διορίστηκε η πρώτη πενταμελής Διαρκής Σύνοδος Ιεραρχών. Η «Διακήρυξις» αυτή αποτέλεσε στην πράξη και τον πρώτο Καταστατικό Χάρτη της Εκκλησίας της Ελλάδος, με βάση τις διατάξεις του οποίου αυτή διοικήθηκε ουσιαστικά από την Πολιτεία μέχρι το 1852.
Η μονομερής ενέργεια της πολιτείας να προχωρήσει στην ανακήρυξη του αυτοκεφάλου εξόργισε το Οικουμενικό Πατριαρχείο, το οποίο διέκοψε την κανονική κοινωνία με την ελλαδική εκκλησία, χωρίς όμως και να την κηρύξει σχισματική.
Για κάποιους η αυτοκεφαλία ήταν αναγκαία για την Εκκλησία της Ελλάδος, προκειμένου να απαλλαγεί διοικητικά από το ευρισκόμενο εντός της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και ενδεχομένως ελεγχόμενο από αυτήν Οικουμενικό Πατριαρχείο, για άλλους αντίθετα ήταν τέχνασμα του Μάουρερ για να την θέσει υπό τον έλεγχό του και απαρχή της «κρατικοποίησής» της.
Μετά την Επανάσταση της 3ης Σεπτεμβρίου του 1844 η Εθνοσυνέλευση επικύρωσε τον Καταστατικό Χάρτη με ελάχιστες αλλαγές. Το 1850 οι ιεράρχες της ελλαδικής εκκλησίας απευθύνουν επιστολή προς το Οικουμενικό Πατριαρχείο ζητώντας την ανακήρυξη αυτοκεφαλίας. Έτσι, στις 29 Ιουνίου 1850 το Οικουμενικό Πατριαρχείο εξέδωσε τον Συνοδικό Τόμο (απόφαση) ανακήρυξης, μην αναγνωρίζοντας το διάστημα των ετών 1833-1850 ως κανονικό χρόνο αυτοκέφαλης διοίκησης.
Την πολιτική ένωση της Επτανήσου με την Ελλάδα το 1864 ακολούθησε και εκκλησιαστική ένωση σύμφωνα με τον Τόμο που εξέδωσε το Οικουμενικό Πατριαρχείο. Το ίδιο συνέβη με τις Μητροπόλεις της Θεσσαλίας και ενός τμήματος της Ηπείρου όταν απελευθερώθηκαν στα 1882.
