Το 1798, μαζί με άλλους Ναουσαίους οπλαρχηγούς, απέκρουσε τα στρατεύματα του Αλή Πασά που είχαν εκστρατεύσει εναντίον της πόλης. Δύο χρόνια αργότερα, οι Ναουσαίοι αναγνώρισαν την επικυριαρχία του Αλή και ο Ζαφειράκης ανέλαβε τη διοίκηση της πόλης και της γύρω περιοχής. Το 1804, όμως, ο γιος του Αλή, Βελή πασάς, πολιόρκησε ξανά τη Νάουσα. Οι κάτοικοί της αντιστάθηκαν για έξι μήνες, αλλά σύντομα ξέμειναν από νερό.
Για να διευκολύνει την κατάσταση, ο Ζαφειράκης, μαζί με 50 δικούς του, έφυγε για τη Θεσσαλονίκη και από εκεί, αφού έμεινε για λίγο διάστημα στο Άγιο Όρος, εγκαταστάθηκε στην Κωνσταντινούπολη. Η Νάουσα παραδόθηκε στον Βελή και η οικογένεια του Ζαφειράκη μεταφέρθηκε στα Γιάννενα. Με τις υψηλές γνωριμίες του και με γερό μπαξίσι, ο Ζαφειράκης πέτυχε να εκδοθεί σουλτανικό φιρμάνι, με το οποίο ο Αλή πασάς απέσυρε τη φρουρά του από τη Νάουσα.
1821 - Ο κλεφτοκαπετάνιος Μήτρος Πέτροβας
Ύστερα από λίγα χρόνια, ο Ζαφειράκης επέστρεψε στη γενέτειρά του και ανέλαβε ξανά τη διοίκηση της πόλης. Όταν η Φιλική Εταιρεία άρχισε να στρατολογεί προεστούς ανάμεσα στα μέλη της, οι Φιλικοί δίστασαν να μυήσουν τον Ζαφειράκη, εξαιτίας των ισχυρών δεσμών του με σημαίνοντος Τούρκους. Έχοντας άγνοια των σκοπών της Φιλικής Εταιρείας, το φθινόπωρο του 1820, κατέδωσε στους Τούρκους τον Δημήτριο Ύπατρο, απεσταλμένο του Αλέξανδρου Υψηλάντη, επειδή τον θεώρησε πράκτορα του Αλή Πασά. Οι Τούρκοι τον θανάτωσαν, με αποτέλεσμα να αυξηθεί η δυσπιστία προς το πρόσωπό του Ζαφειράκη.
Ωστόσο, στις αρχές του 1821 μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία από τον δάσκαλο Πλακίδα και αφοσιώθηκε με ζήλο στην προετοιμασία του Αγώνα. Στις 19 Φεβρουαρίου 1822, ο Ζαφειράκης μαζί με τους οπλαρχηγούς Αναστάσιο Καρατάσο και Αγγελή Γάτσο κήρυξαν την επανάσταση στη Νάουσα, μετά την αποτυχία του Εμμανουήλ Παππά στη Χαλκιδική. Με ηρωισμό απέκρουσαν επί 25 μέρες τα στρατεύματα του Εμπού Λουμπούτ, που πολιόρκησε την πόλη.
Η Ελληνική Επανάσταση του 1821 στον ρωσικό τύπο της εποχής
Στις 13 Απριλίου 1822 οι Τούρκοι μπήκαν στη Νάουσα και την κατέστρεψαν, ενώ ο Ζαφειράκης με τους συντρόφους του διέφυγε και κρύφτηκε στη δασώδη τοποθεσία Σοφολιό (πλησίον του σημερινού χωριού Σταυρός Ημαθίας). Όμως, λίγες μέρες αργότερα προδόθηκε το καταφύγιό του και οι Τούρκοι τον περικύκλωσαν. Του ζήτησαν να παραδοθεί και όταν αυτός αρνήθηκε, ακολούθησε συμπλοκή κατά τη διάρκεια της οποίας σκοτώθηκε ο Ζαφειράκης μαζί με τους συντρόφους του. Οι Τούρκοι του έκοψαν το κεφάλι και το έστειλαν πεσκέσι στον Αμπού Λουμπούτ.
Ο γιος του, Φίλιππος Θεοδοσίου, που είχε καταφύγει στην Κλεισούρα, πιάστηκε αργότερα αιχμάλωτος και θανατώθηκε στα Γιάννενα. Η γυναίκα του Ζαφειράκη και η νύφη του, μαζί με τη γυναίκα του Καρατάσου, οδηγήθηκαν αιχμάλωτες στη Θεσσαλονίκη, όπου υποβλήθηκαν σε φριχτά βασανιστήρια και θανατώθηκαν.
