Με το σκεπτικό ότι η συμφωνία των Πρεσπών δεν μπορεί να ελεγχθεί δικαστικά διότι άπτεται της εξωτερικής πολιτικής της χώρας, η Ολομέλεια του Συμβουλίου της Επικρατείας απέρριψε τις πρόσφυγες της Πανελλήνιας Ομοσπονδίας Πολιτιστικών Συλλόγων Μακεδονίας και 13 ακόμη Παμμακεδονικών Ενώσεων της ομογένειας (ΗΠΑ, Αυστραλία, Καναδά, Μελβούρνη-Βικτώρια), της Κίνησης Ακομμάτιστων Πολιτών Αγρινίου και του δικηγόρου Γεωργίου Κόκκα κατά της συμφωνίας.
Η Ολομέλεια του Ανωτάτου Ακυρωτικού Δικαστηρίου έκρινε ότι οι προσβαλλόμενες πράξεις, δηλαδή η τελική συμφωνία των Πρεσπών, όπως και οι επιστολές με τις οποίες ο τότε υπουργός Εξωτερικών Νικόλαος Κοτζιάς συναίνεσε στην έναρξη διαδικασίας διαπραγμάτευσης για την ένταξη της πΓΔΜ στην Ευρωπαϊκή Ένωση και στο ΝΑΤΟ, δεν μπορούν να ελεγχθούν από το ΣτΕ.
Ένα μέλος της Ολομέλειας, μειοψήφησε, υποστηρίζοντας ότι οι προσβαλλόμενες πράξεις υπόκειται στον έλεγχο του ΣτΕ.
Σύμφωνα με το ΣτΕ, οι προσβαλλόμενες πράξεις δεν μπορούν να ελεγχθούν καθώς «συνιστούν καθεαυτές πράξεις διαχειρίσεως της πολιτικής εξουσίας στον τομέα της εξωτερικής πολιτικής και συνδέονται ευθέως με τη διαχείριση των διεθνών σχέσεων της χώρας». Ως εκ τούτου, συνεχίζουν οι σύμβουλοι Επικρατείας, «έχουν κυβερνητικό χαρακτήρα, μη υποκείμενες στον ακυρωτικό έλεγχο του ΣτΕ».
Ωστόσο, όπως επισημαίνει το ΣτΕ οι προσβαλλόμενες πράξεις μπορεί να έχουν επιπτώσεις σε συνταγματικά προστατευόμενα ατομικά δικαιώματα ή σε πολιτικά δικαιώματα ή ακόμα να έχουν δυσμενείς επιπτώσεις σε ιδιώτες. Σε αυτές τις περιπτώσεις μπορεί να υπάρξουν ατομικές νομικές ενέργειες (αγωγές, προσφυγές, κ.λπ.) στα δικαστήρια.
Παράλληλα, η Ολομέλεια απέρριψε ως απαράδεκτους του υπόλοιπους ισχυρισμούς των προσφευγόντων.
