Το ιδιοκτησιακό και προσκυνηματικό καθεστώς των Παναγίων Προσκυνημάτων εις την Αγίαν Γην έχει μεταβληθεί πολλάκις. Ολόκληρος σχεδόν η ιστορία τους διέπεται από τους συνεχείς αγώνας της Αγιοταφιτικής Αδελφότητος δια την διαφύλαξιν και διάσωσιν αυτών.
Ο αγών αυτός αντανακλά τας ηρωϊκάς προσπαθείας των φυλάκων – μοναχών δια την διατήρησιν της ελληνικής ταυτότητος και της ορθοδόξου παραδόσεως του Πατριαρχείου και των ιερών Προσκυνημάτων. Αυτό συμβαίνει, διότι τα ιερά προσκυνήματα, με πρώτον τον Πανάγιον Τάφον, υπήρξαν πεδίον ατερμόνου διαμάχης αναμέσον των Ορθοδόξων Χριστιανών και των κατά καιρούς αλλοδόξων κατακτητών, αλλά και αναμέσον των Χριστιανών άλλων Ομολογιών.
Τον 7ον μ.Χ. αιώνα ο πορθητής των Ιεροσολύµων Οµάρ ίµπν Αλ-Χαττάπ αντιµετώπισε τους Χριστιανούς και τον Πατριάρχην των, Άγιον Σωφρόνιον· ο Χαλίφης Οµάρ, δι΄ ειδικού διατάγµατος (αχτιναμέ), ανεγνώριζεν εις τον Πατριάρχην του «βασιλικού έθνους» (δηλ. των Ρωµηών) την ιδιότητα εθνάρχου και πνευµατικού ηγέτου πάντων των Χριστιανών της Παλαιστίνης, ακόµη και των ετεροδόξων, ως επίσης και πρεσβεία τιµής µεταξύ πάντων των Χριστιανών αρχηγών, προσέφερε δε εις αυτόν εγγυήσεις ευνοίας, ασφαλείας και φορολογικής ασυδοσίας από µέρους των µελλόντων Μουσουλµάνων ηγεµόνων. Όµως, οι διάδοχοί του, αυθαίρετοι Άραβες ηγεµόνες, υπήρξαν σκληρότατοι· η χριστιανική κοινότης ήρχισε να πλήττεται υπό συντόνων προσπαθειών εξισλαµισµού και αφελληνισµού αυτής.
Κατά την διάρκειαν των Σταυροφοριών η επιβολή της λατινικής εκκλησίας επί του Ορθοδόξου κλήρου υπήρξε βιαία, και τα Πάνσεπτα Προσκυνήµατα παρεχωρήθησαν εις τον λατινικόν, µεταφερθέντα εκ της Δύσεως, κλήρον, ενώ οι Αγιοταφίται διετήρησαν το δικαίωµα να διαχειρίζωνται τον Ναόν της Ευρέσεως του Τιµίου Σταυρού και να λειτουργούν ελληνιστί εις τον Πανάγιον Τάφον και εις Βηθλεέµ· επίσης διετήρησαν και πολλάς Μονάς εκτός Ιεροσολύµων, εντός δε της Αγίας Πόλεως το παρά την πύλην Δαυΐδ µετόχιον της Λαύρας του Αγίου Σάββα, το οποίον υπήρξε και το κέντρον των, και την Μονήν της Μεγάλης Παναγίας. Οι Σταυροφόροι, θέλοντες να προσεταιρισθούν τους Αρµενίους και Ιακωβίτας, παρεχώρησαν εις αυτούς Ναούς και Μονάς.
Κατά τον 14ον αιώνα διαμορφούνται τα ακόλουθα ιδιοκτησιακά δικαιώματα: εις τους Έλληνας ανήκε το Καθολικόν, εις τους Λατίνους ο Κίων της Φραγγελώσεως και ο τόπος της εμφανίσεως του Κυρίου εις την Μαρίαν την Μαγδαληνήν, εις τους Αρμενίους το παρεκκλήσιον του Αδάμ και τα Κατηχούμενα, εις τους Ίβηρας ο Γολγοθάς, η φυλακή του Χριστού και ο Ναός της Ευρέσεως του Τιμίου Σταυρού, εις τους Νεστοριανούς το θυσιαστήριον έξωθεν του Ναού, εις τους Συροϊακωβίτας το παρεκκλήσιον οπίσω του Παναγίου Τάφου, εις τους Αρειανούς ο έναντι τόπος και εις τους Χαμπεσίους ο τόπος εκ δεξιών του Ιερού Κουβουκλίου.
Τέλη του 15ου αιώνος οι Λατίνοι κατέλαβον εκ των Ιβήρων το εν εκ των δυο μερών του Γολγοθά, ενώ το 1517 ο Οθωμανός Σουλτάνος Σελήμ Α΄, ο οποίος κατέλαβε την Παλαιστίνην, την Συρίαν και την Αίγυπτον εκ των Μαμελούκων ανεγνώρισε επισήμως την πλήρη κυριαρχίαν των Ορθοδόξων εις τον Ναόν της Αναστάσεως.
Είναι η περίοδος διαµορφώσεως και παγιώσεως του Προσκυνηµατικού Καθεστώτος (status quo).
Η περίοδος αύτη της ιστορίας των Ιεροσολύµων χαρακτηρίζεται από τας προσπαθείας κυρίως των Λατίνων και των Αρµενίων, βασιζοµένων των μεν εις την διπλωµατίαν των ευρωπαϊκών δυνάµεων, των δε εις την οικονοµικήν η άλλου είδους πρόσβασίν των εις την Υψηλήν σουλτανικήν Πύλην της Κωνσταντινουπόλεως, όπως ανατρέψωσι το ευνοϊκόν δια την γηγενή (ελληνικήν) Εκκλησίαν των Αγίων Τόπων καθεστώς και αποκτήσωσι τα πρωτεία η και την αποκλειστικότητα εις τα πανίερα Προσκυνήµατα.
Το 1520 ο διάδοχος αυτού, Σουλτάνος Σουλεϊμάν ο Μεγαλοπρεπής παρεχώρησε τας κλείδας του Ναού, τας οποίας έως τότε κατείχον οι Έλληνες, με κληρονομικόν δικαίωμα εις οικογενείας Μουσουλμάνων, οι οποίοι έως και σήμερον κρατούν τας κλείδας της Αγίας Πόρτας και ανοίγουν και κλείνουν τον Ναόν, βάσει σχετικών συμφωνιών.
Σήμερον η θέσις του Ελληνορθοδόξου Πατριαρχείου Ιεροσολύμων είναι απολύτως κυριαρχική, τόσο εις τον Ναόν της Αναστάσεως και τον Πανάγιον Τάφον, όσο και εις τα λοιπά ιερά προσκυνήματα της Παλαιστίνης. Εις την πνευματικήν, διοικητικήν και ποιμαντικήν δικαιοδοσίαν του ανήκουν ο Ναός της Αναστάσεως, ο Γολγοθάς, ο Πανάγιος Τάφος και τα παρεκκλήσια του Αδάμ, του Ακανθίνου Στεφάνου, του εκατοντάρχου Λογγίνου, των Κλαπών και της Φυλακής του Χριστού. Επίσης, ανήκουν εις το Πατριαρχείον μέρος του Πραιτωρίου, ο Τάφος της Παναγίας εις την Γεθσημανήν, η εκκλησία της «Μικράς Γαλιλαίας» επί του Όρους των Ελαιών, ο τόπος λιθοβολισμού του Πρωτομάρτυρος Αγίου Στεφάνου και ο οίκος της Θεοτόκου.
Εις το Ορθόδοξον Πατριαρχείον Ιεροσολύμων επίσης ανήκουν ο Ναός της Γεννήσεως του Χριστού εις την Βηθλεέμ, το Σπήλαιον των Ποιμένων, το Φρέαρ του Ιακώβ εις Νεάπολιν, ο Ναός του Ευαγγελισμού εις την Πηγήν της Θεοτόκου εν Ναζαρέτ, το Προσκύνημα του θαύματος εν Κανά της Γαλιλαίας, ο Ναός της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος εν τω Όρει Θαβώρ, ο Ναός των Αγίων Αποστόλων εν Καπερναούμ, πλησίον του Όρους των Μακαρισμών, η Μονή της Τιβεριάδος και ο Ναός του προφήτου Ελισσαίου εν Ιεριχώ, όπου και η συκομορέα του Ζακχαίου. Επίσης εις το Πατριαρχείον Ιεροσολύμων ανήκουν αι παλαίφαται ιεραί Μοναί της Λαύρας του Αγίου Σάββα του Ηγιασμένου, του Αγίου Γεωργίου Χοζεβίτου, του Σαρανταρίου Όρους, της Βηθανίας, του αββά Γερασίμου του Ιορδανίτου, του αββά Θεοδοσίου, του Τιμίου Σταυρού και του Αγίου Συμεών του Θεοδόχου , η λεγομένη «Καταμόνας».
