Μια από τις πιο βρώμικες υποθέσεις στην επανάσταση του 1821 είναι η δίκη του Καραϊσκάκη στο Αιτωλικό. Από όπου και να την πιάσεις βρωμάει. Παρόλα αυτά ο ήρωας δεν πτοήθηκε και βρήκε την ψυχική δύναμη όταν όλοι τον κατηγορούσαν, όταν «Έλληνες» και τούρκοι τον κυνηγούσαν ζητώντας την φυσική του, να αντισταθεί και να κάνει τα γνωστά του κατορθώματα που δόξασαν τον ίδιο και έσωσαν την επανάσταση σε πολύ δύσκολες στιγμές. Την ηθική του εξόντωση, πριν την φυσική του, προσπάθησαν να την πετύχουν με την καταδίκη του Καραϊσκάκη τάχα ως εχθρό της πατρίδας.
Η διάσημη αυτή δίκη παρωδία έγινε στο Αιτωλικό στην εκκλησία της Παναγίας την 1 Απριλίου του 1824.
Ας πάρουμε όμως τα πράγματα από την αρχή. Τον Οκτώβριο του 1823 ο Καραϊσκάκης που υπέφερε από φυματίωση βαριάς μορφής είχε πάει στην Κεφαλονιά για τον εξετάσουν γιατροί σπουδαγμένοι στην Ευρώπη. Εκεί όλοι οι γιατροί του συνέστησαν να σταματήσει κάθε δραστηριότητα και να πάει κάπου να περάσει ήρεμα τις τελευταίες του στιγμές. Κι όμως αυτός ο άνθρωπος που τον είχαν του θανατά, με το σώμα το ταλαιπωρημένο από την φυματίωση , το επόμενο διάστημα θα τους διαψεύσει όλους και θα κάνει όλες τις ηρωικές του πράξεις που του χάρισαν την Αθανασία.
Από την Κεφαλονιά ο Καραϊσκάκης περνάει στο Μεσολόγγι, αλλά καθώς εκεί βρίσκεται ο Μαυροκορδάτος που ο ήρωας ούτε να τον ακούει δεν θέλει, προτιμάει να ξεχειμωνιάσει στο Αιτωλικό. Στις 19 Μαρτίου στέλνει τον ανιψιό του τον Ψαρογιαννόπουλο για μερικά θελήματα στο Μεσολόγγι. Εκεί κάποιοι μπράβοι του Μαυροκορδάτου τον πιάνουνε και τον χτυπάνε. Ο Καραϊσκάκης πάνω στο θυμό του στέλνει μερικά από τα παλληκάρια του και πιάνουν δύο προεστούς του Μεσολογγίου.
Ο Μαυροκορδάτος που περίμενε πως και πως ένα στραβοπάτημα του ήρωα μας γι’αυτό άλλωστε προσπάθησε να τον προκαλέσει με την υπόθεση του ανιψιού, αρπάζει την ευκαιρία να τον κηρύξει προδότη και ότι τάχα τα έχει συμφωνήσει με τον Ομέρ Βρυώνη για να του παραδώσει το Μεσολόγγι. Έτσι αφού καλεί κοντά του οπλαρχηγούς και στρατεύματα από τα γύρω μέρη περνάει τον Καραϊσκάκη από έκτακτο δικαστήριο με την κατηγορία της εσχάτης προδοσίας.
Την περιγραφή της δίκης την έχουμε ολόκληρη από τα απομνημονεύματα του Κασομούλη που δεν πρέπει να ξεχνάμε ότι εκείνη εποχή ήταν και αυτός ενάντια στον Καραϊσκάκη, αλλά αργότερα τον λάτρεψε και πολέμησε υπό τις διαταγές του στο Φάληρο. Στις 30 Μαρτίου του 1824 ο Μαυροκορδάτος στα γρήγορα διορίζει ανακριτική επιτροπή με πρόεδρο τον επίσκοπο Άρτας Πορφύριο. Έτσι τη πρώτη Απριλίου ξεκίνησε αυτή η παράξενη δίκη μέσα στο Ιερό Ναό της Παναγίας του Αιτωλικού.
