Μετά την εισβολή των Γερμανών στην Ελλάδα τον Απρίλιο-Μάιο του 1941, η "ελεύθερη" ελληνική κυβέρνηση κατέφυγε στην Αίγυπτο και άρχισε να ανασυγκροτεί εκεί τις στρατιωτικές μονάδες.

Η μονάδα αυτή συγκροτήθηκε το 1942 στην Κφαρ Υόνα της Παλαιστίνης και είχε το ιδιαίτερο χαρακτηριστικό ότι αποτελείτο κατά το μεγαλύτερο μέρος της από αξιωματικούς οι οποίοι πλεόναζαν και δεν ήταν δυνατόν να χρησιμοποιηθούν στον Ελληνικό Στρατό της Μέσης Ανατολής.

Βεβαίως, οι πολιτικές ανωμαλίες που κάθε τόσο προκαλούσαν δονήσεις στις ελληνικές μονάδες από την πρώτη στιγμή σχεδόν της συγκροτήσεώς τους, ώθησαν πολυάριθμους αξιωματικούς που είχαν κατέλθει στη Μέση Ανατολή για να πολεμήσουν τον εχθρό και μόνο αυτόν, να ζητήσουν την μετάθεσή τους στη νέα μονάδα καθώς είχαν απαυδήσει από την ακατάσχετη και τελικώς μοιραία για τον στρατό πολιτικολογία.

Έτσι η δύναμη του Ιερού Λόχου από αρχικά 143 άνδρες αυξήθηκε σταδιακά και με την διαδοχική ενσωμάτωση νέων εθελοντών κατά το τέλος του πολέμου έφθασε να αριθμεί 1.100 άνδρες.

Η μονάδα επρόκειτο, σύμφωνα με τις πρώτες σκέψεις, να ονομασθεί «Λόχος Επιλέκτων Αθανάτων» και να αποτελεί μονάδα πολυβόλων. Αυτές όμως οι σκέψεις γρήγορα άλλαξαν όταν διοικητής ανέλαβε ο Συνταγματάρχης Πεζικού Χριστόδουλος Τσιγάντες.
Έχοντας πλούσια πολεμική δράση στο ενεργητικό του ο Τσιγάντες θέλησε να προσδώσει στη μονάδα μια ιδιαίτερη φυσιογνωμία και συλλαμβάνοντας έγκαιρα τις νέες τακτικές και εξελίξεις, ακολούθησε την οδό των Ειδικών Δυνάμεων.

Ταυτόχρονα καθιερώθηκε η ονομασία «Ιερός Λόχος» σε ανάμνηση των παραδοσιακών ελληνικών στρατιωτικών σωμάτων από την αρχαιότητα μέχρι τον 20ο αιώνα (Ιερός Λόχος Θηβαίων, Ιερός Λόχος Υψηλάντη κ.λπ.). 
Κατ’ αυτόν το τρόπο ο Ιερός Λόχος έγινε η πρώτη μονάδα Ειδικών Δυνάμεων του Ελληνικού Στρατού. Ως ιδιαίτερο έμβλημα σχεδιάσθηκε ένα αρχαιοελληνικό ξίφος περιβαλλόμενο από δάφνες με το σπαρτιάτικο ρητό «Η ταν ή επί τας», ενώ παράλληλα εισήχθη και ο μπεζ μπερές.

H εκπαίδευση ήταν ποικίλη περιλαμβάνοντας ορεινό αγώνα, εκπαίδευση στα αλεξίπτωτο δολιοφθορές, πολεμικές τέχνες κ.λπ. 
Ο Ιερός Λόχος οργανώθηκε σε τρεις διμοιρίες κρούσεως κινούμενες επί οπλισμένων με πολυβόλα τζιπ, ενώ υπήρχε και τμήμα υποστηρίξεως με οπλοπολυβόλα.

H μονάδα ενεπλάκη στις επιχειρήσεις κατά τω Γερμανοϊταλών στην Τυνησία κατά τις αρχές Φεβρουάριου 1943, υπαγόμενη στην διοίκηση το Γάλλου Στρατηγού Λεκλέρ και εκτελώντας περιπολική δράση.
H πρώτη σοβαρή σύγκρουση έγινε στην τοποθεσία Κσαρ- Ριλάν όταν ο Ιερός Λόχος και γαλλικά τμήματα υπέστησαν την επίθεση Γερμανών η οποία και τελικώς αποκρούσθηκε.

Επακολούθησε η υπαγωγή της μονάδος στην Νεοζηλανδική 2α Μεραρχία και η προώθηση προς Ουάντι Ακαρίτ, Σφαξ, Σους, μέχρι την τελευταία αμυντική γραμμή του εχθρού στην Ενφινταβίλ. Εκεί την 17η Απριλίου, ο Ιερός Λόχος επέστρεψε εσπευσμένα στην Αίγυπτο προκειμένου να προετοιμασθεί για τις σχεδιαζόμενες επιχειρήσεις στο Αιγαίο.
Στο χώρο του Αιγαίου, οι Γερμανοί, μετά τις επιχειρήσεις της Δωδεκανήσου το φθινόπωρο του 1943, εδραίωσαν την παρουσία τους αφού εξουδετέρωσαν τις αγγλικές προσπάθειες διεισδύσεως στην περιοχή μετά την ιταλική συνθηκολόγηση της 8ης Σεπτεμβρίου.

Στις επιχειρήσεις αυτές ο Ιερός Λόχος συμμετείχε ενεργά αν και χωρίς να έρθει σε άμεση σύγκρουση με τον εχθρό. Στα τέλη Οκτωβρίου με αρχές Νοεμβρίου, η μονάδα πραγματοποίησε το μοναδικό στην ελληνική ιστορία πολεμικό άλμα αλεξιπτωτιστών στην Σάμο, ενώ ένα άλλο τμήμα του αφίχθη δια θαλάσσης στο νησί.
H δυσμενής όμως εξέλιξη των επιχειρήσεων υποχρέωσε τον Ιερό Λόχο να εγκαταλείψει την Σάμο και μέσω Τουρκίας να επανέλθει στην Μέση Ανατολή.

Εφ’ όσον λοιπόν απέτυχε η προσπάθεια καταλήψεως των νησιών του Αιγαίου, το Βρετανικό Στρατηγείο Μέσης Ανατολής ανέθεσε στις βρετανικές Καταδρομικές Δυνάμεις, στις οποίες υπήχθη και ο Ιερός Λόχος να αναλάβουν δράση με σκοπό να αποδυναμώσουν και να διατηρήσουν σε καθεστώς ανασφάλειας τις γερμανικές φρουρές του Αιγαίου.

H επέμβαση του Ιερού Λόχου στο Αιγαίο, με δύναμη 446 ανδρών πλέον, άρχισε από τον Μάρτιο του 1944. Εκτελέσθηκαν μέχρι πέρατος του πολέμου συνολικά 207 περιπολίες και πραγματοποιήθηκαν 33 καταδρομικές επιχειρήσεις μικρής, μεσαίας και μεγάλης κλίμακος.
Κατ’ αυτές προσεβλήθησαν φυλάκια και εγκαταστάσεις του εχθρού είτε σε συνεργασία με την βρετανική μονάδα LRDG και SBS, είτε αυτοτελώς, προξενώντας σημαντικές απώλειες στον εχθρό τόσο σε έμψυχο όσο και σε άψυχο υλικό.

Όταν κατά τον Σεπτέμβριο του 1944 άρχισε η γερμανική αποχώρηση από την Ελλάδα, ο Ιερός Λόχος απελευθέρωσε σειρά ελληνικών νησιών περισφίγγοντας στη συνέχεια τις φρουρές που παρέμειναν μέχρι λήξεως του πολέμου στο Αιγαίο.
Η βαθμιαία δε αποκτηθείσα εμπειρία από τη φύση των επιχειρήσεων, οδήγησε σταδιακά και στην ανάληψη του βάρους του αγώνος κυρίως από τον Ιερό Λόχο. Παράλληλα με το καθαυτό πολεμικό έργο, ο Ιερός Λόχος συνέδραμε ενεργά στην τροφοδοσία και την ιατροφαρμακευτική περίθαλψη των χειμαζομένων κατοίκων των νησιών. 

H τελική αναγνώριση της πολεμικής προσφοράς της μονάδος ήρθε κατά την υπογραφή της παραδόσεως των γερμανοϊταλικών φρουρών της Δωδεκανήσου την 8η Μαΐου του 1945, όταν ο Βρετανός Ταξίαρχος Μόφφατ παραλαμβάνοντας το πιστόλι του Γερμανού Στρατηγού Βάγγενερ το παρέδωσε στον Συνταγματάρχη Τσιγάντε, λέγοντας: «Το τρόπαιο αυτό ανήκει σε σας και στον Ιερό Λόχο, ελευθερωτή των νησιών».

Έτσι επιστεγάσθηκε ένας αγώνας δύο ετών που συνέβαλε ουσιαστικά στην διατήρηση της ελληνικότητας των νησιών του Ανατολικού Αιγαίου και στην επακολουθήσασα ενσωμάτωση της Δωδεκανήσου στην Ελλάδα, παρά τις τουρκικές βλέψεις που ήδη από τότε έθεταν υπό αμφισβήτηση την μελλοντική τύχη του νησιωτικού αυτού χώρου