Ένα θέμα που «συνοδεύει» την Παπική Εκκλησία εδώ και πολλές δεκαετίες έθιξε ο Πάπας Φραγκίσκος, ζητώντας «συγχώρεση» για τον ρόλο που διαδραμάτισε η Εκκλησία στη Γενοκτονία της Ρουάντα.

Ο Ποντίφικας απευθύνθηκε στον πρόεδρο της αφρικανικής χώρας και δήλωσε πως ελπίζει, ότι η απολογία του θα γίνει αποδεκτή, ενώ προσφέρθηκε να βοηθήσει στα προβλήματα που αντιμετωπίζει η κοινωνία.

Ο Πάπας Φραγκίσκος έκανε δηλώσεις μετά τη συνάντησή του με τον πρόεδρο Πολ Καγκαμέ, λέγοντας πως η εκκλησία έφταιξε, καθώς ορισμένοι κληρικοί και καλόγριες υπέκυψαν στη βία και παραβίασαν την ευαγγελική τους αποστολή.

Το μεγάλο αυτό γεγονός της Γενοκτονίας στη Ρουάντα διήρκεσε 100 ημέρες και σκοτώθηκαν πάνω από 800.000 άνθρωποι, σε μία από τις πιο αιματηρές εμφύλιες διαμάχες στην ιστορία της ανθρωπότητας. Πολλά από τα θύματα πέθαναν στα χέρια των κληρικών, μεταξύ των οποίων και αρκετοί από εκείνους που επιβίωσαν από την αρχική σφαγή, ενώ η κυβέρνηση της Ρουάντα είχε δηλώσει πως υπήρξαν πολλοί νεκροί μέσα στις εκκλησίες.

Το 1996, ο  St. John Paul II είχε αρνηθεί να αποδεχθεί την ευθύνη της παπικής εκκλησίας, λέγοντας πως η Εκκλησία δεν μπορεί να αναλάβει την ευθύνη για τις πράξεις ορισμένων μελών της. Μετά τη «συγχώρεση» που ζήτησε ο Πάπας Φραγκίσκος, η κυβέρνηση της Ρουάντα έκανε λόγο για «ένα θετικό βήμα».