Την αντίθεσή του στο υπό ζήτηση νομοσχέδιο για την αλλαγή ταυτότητας φίλου εξέφρασε ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος.
«Η διαφωνία είναι σε όλο το σκεπτικό του νομοσχεδίου αυτού. Υπάρχει κάτι το πρωτοφανές, νόμος της ελληνικής Πολιτείας να δημιουργεί αρνητικό Δίκαιο και όχι θετικό Δίκαιο. Αυτά γίνονται για πρώτη φορά στην ελληνική κοινωνία και η Βουλή ψηφίζει τέτοιου είδους νομοθετήματα. Δεν μπορεί να νομιμοποιείται μία παρά φύση κατάσταση» είπε μεταξύ άλλων ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας μιλώντας στον Realfm 97,8.
Και στη συνέχεια πρόσθεσε:
«Ο νόμος προστατεύει και σέβεται την αξιοπρέπεια του ανθρώπου, αυτή η αξιοπρέπεια του ανθρωπίνου προσώπου δεν είναι μία μονομερής κατάσταση στον άνθρωπο, έχει να κάνει με τον όλον άνθρωπο. Έχει να κάνει και με αυτό που λέμε ψυχή και σώμα και πνεύμα και κάθε διάσταση αυτής της ανθρώπινης φύσεως.
Όταν νομιμοποιεί μία διάσταση φύσεως και βουλήσεως ή θελήσεως του ανθρώπου, νομιμοποιεί μία διάσπαση του ανθρώπου, όχι μία ενότητα. Αυτό είναι παρά φύση ψευδαίσθηση στον άνθρωπο, δεν μπορεί να θέλει άλλο και να είναι άλλο η φύση του, τότε βρίσκεται σε μία παρά φύση κατάσταση. Εάν είναι οι λόγοι ιατρικοί, θα πρέπει η ιατρική να λύσει το πρόβλημα, αλλά όχι μία νομοθεσία με αυτόν τον τρόπο τον αυθαίρετο».
«Η Εκκλησία δέχεται τους ανθρώπους αυτούς, αλλά δεν μπορεί να αποδεχθεί αυτό το οποίο πρεσβεύουν. Εμείς δεν απορρίπτουμε τους ανθρώπους, δεχόμαστε τον κάθε άνθρωπο όπως είναι, με τα πάθη του, τις αδυναμίες του, αλλά δεν μπορούμε να υιοθετήσουμε ως τρόπο ζωής και ύπαρξης το οποιοδήποτε πάθος" ανέφερε μεταξύ άλλων ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας Χρυσόστομος και σημείωσε ότι "κανέναν άνθρωπο δεν βάζουμε απέναντι μας. Η Εκκλησία δέχεται τους πάντες.Όπως η Εκκλησία δεν μπορεί να δεχτεί ότι νομιμοποιείται η κλοπή ή ο φόνος, το ίδιο πράγμα είναι για την Εκκλησία.
Η Εκκλησία δέχεται τον καθένα ο οποίος πάσχει, όπως ο γιατρός δέχεται τον ασθενή. Τον ασθενή τον δεχόμεθα, τον σεβόμεθα, αλλά δεν μπορούμε να αποδεχτούμε την ασθένεια του, θα πεθάνουμε και εμείς μαζί με αυτό, θα πεθάνει όλη η άλλη κοινωνία. Άρα, τον δεχόμεθα και προσπαθούμε να τον βοηθήσουμε να θεραπευτεί».