Όταν οι Τούρκοι μπήκαν στην Πόλη ξεκίνησαν να καταστρέφουν τις εκκλησίες και τα μοναστήρια. Στην Αγία Σοφία είχε καταφύγει πολύς λαός, κυρίως γυναικόπαιδα, προκειμένου να αποφύγουν τον θάνατο.

Ωστόσο, δεν κατάφεραν να σωθούν, καθώς ορισμένοι φανατικοί  δερβίσηδες μωαμεθανοί μπήκαν στην εκκλησία και άρχισαν να σφάζουν αδιακρίτως, όποιον έβρισκαν κοντά τους. Μάλιστα, η ιστοριά λέει ότι ο σωρός των πτωμάτων έφτασε τα δέκα μέτρα.Όταν μάλιστα ο Σουλτάνος Μωάμεθ προσπάθησε να μπει στο ναό το άλογο του σκόνταψε πάνω στα πτώματα.

Με την οπλή του αλόγου του, άφησε ένα σημάδι στην κορυφή του στύλου, το οποίο σώζεται μέχρι σήμερα.

Τις πιο πολλές εικόνες και τοιχογραφίες της Αγίας Σοφίας τις κατέστρεψαν οι Τούρκοι. ΄Όταν όμως οι άπιστοι εισβολείς έφτασαν στον εξώστη-γυναικωνίτη και ένας Τούρκος αξιωματικός προσπάθησε με έναν πέλεκυ να καταστρέψει μια τοιχογραφία της Παναγίας που κρατά στα χέρια της τον Ιησού μωρό, έγινε θαύμα!

Τη στιγμή που ο Τούρκος προσπάθησε να καταφέρει το πρώτο χτύπημα στην τοιχογραφία κεραυνοβολήθηκε κι έπεσε νεκρός. Τη θέση του πήρε ένας άλλος Τούρκος, αλλά την ίδια στιγμή κι έκείνος είχε την ίδια τύχη.

Οι υπόλοιποι βάρβαροι πανικοβλήθηκαν από το πρωτόγνωρο γι αυτούς θαύμα και γεμάτοι τρόμο αλλά και σεβασμό εγκατέλειψαν την ανόσια προσπάθειά τους. Η συγκεκριμένη τοιχογραφία σώζεται μέχρι σήμερα στον δεξιό εξώστη της Αγίας Σοφίας