Βρήκε κατοικία στο χωριό Άγιος Ιωάννης Φαιστού και ζούσε βίο ευσεβή και ευλαβικό, ασκώντας το επάγγελμα του δραγάτη (του αγροφύλακα), προκειμένου να εξασφαλίζει τα προς το ζην.
Κάποιοι επαναστάτες σκότωσαν δυο Τουρκόγυφτους. Οι οθωμανοί που μισούσαν τον Ιωάννη επειδή απαρνήθηκε τη θρησκεία τους, βρήκαν την ευκαιρία να τον εκδικηθούν. Τον κατήγγειλαν στην κοσμική εξουσία της περιοχής ότι αυτός ήταν ο φονιάς των δύο Τουρκόγυφτων, κατηγορώντας τον μάλιστα ότι μετά την αλλαγή του θρησκεύματός του είχε διάθεση εξόντωσης Μουσουλμάνων.
Ο Ιωάννης συνελήφθη και στάλθηκε στο Ηράκλειο σε δίκη, όπου αποδείχθηκε η αθωότητά του. Όμως ο δικαστής Ρεχίτ – Εφέντης, του ζήτησε να αλλάξει θρησκεία και πάλι για να φανεί ότι δεν σκότωσε λόγω θρησκευτικής αντιπαλότητας, διαφορετικά θα τον καταδίκαζε σε θάνατο. Ο Ιωάννης με θάρρος ομολόγησε το Χριστό. Για τρεις ημέρες βασανίστηκε με φρικτά μαρτύρια. Μεταξύ των άλλων πύρωσαν ένα σιδερένιο δοχείο και του το έβαλαν στο κεφάλι.
Όταν ο Άγιος Ιωάννης παρέδωσε την ψυχή του στο Θεό, ο Πασάς έδωσε διαταγή να δοθεί το σώμα του στους Χριστιανούς και να ταφεί. Το πήραν και το έθαψαν στα «Σπιτάλια» (η περιοχή είναι γύρω από την παλιά Υγειονομική Υπηρεσία στο Ηράκλειο).
Ο μαρτυρικός θάνατος του Ιωάννη σκόρπισε θλίψη και αγανάκτηση στους χριστιανούς του Ηρακλείου. Το ημερολόγιο έδειχνε ημέρα Σάββατο 5 Μαΐου 1845 μ.Χ. Και όπως αναφέρει ο Στέφανος Νικολαΐδης στα βιογραφικά του σημειώματα «…έγινε φοβερά στάσις των Χριστιανών εναντίον της Κυβερνήσεως δια Αρναουτογιάννην θανατωθέντα δια φρικωδεστάτων βασάνων». Και για να ικανοποιηθεί ο λαός, εξορίστηκε ο πρόεδρος του δικαστηρίου Ρεχίτ – Εφέντης και αντικαταστάθηκε από τον Κουλουκτζή – Μεϊμουρή.
Μετά από καιρό, έγινε η ανακομιδή και τα λείψανά του βρέθηκαν ηγιασμένα. Τα πήρε ο Πρόξενος της Ρωσίας και τα έστειλε στο Κίεβο, όπου και φυλάσσονται, μαζί με άλλα αγιασμένα λείψανα.
Την εύρεση του Αγίου μας την οφείλουμε στην εμπεριστατωμένη χρόνια έρευνα του Πανοσιολ. Πρωτοσυγκέλλου της Μητροπόλεως Γορτύνης πατρός Χρυσοστόμου Παπαδάκη, ο οποίος μάλιστα συνέγραψε θαυμάσιο βιβλίο για το βίο του Αγίου, αλλά και για το ίδιο το χωριό τον Άγιο Ιωάννη.
Την Ακολουθία του Αγίου έγραψε ο Μ. Υμνογράφος της Αλεξανδρινής Εκκλησίας κ. Χαραλάμπης Μπούσιας
