Ο Άγιος Απολλώνιος και άλλοι 35 Άγιοι, μεταξύ των οποίων ήταν ο Άγιος Υπάτιος, κατάγονταν από την Θήβα της Αιγύπτου και κατά τον μεγάλο διωγμό του αυτοκράτορα Διοκλητιανού, το έτος 290 μ.Χ., συνελήφθησαν ως χριστιανοί από τον τοπικό ηγεμόνα Αρριανό και φυλακίσθηκαν. Ο Απολλώνιος, όμως, σε μια στιγμή δειλίας χρημάτισε τον κιθαριστή Φιλήμονα, ο οποίος τους φρουρούσε, για να ντυθεί με τα ρούχα του και να προσφέρει αντί αυτού θυσία στα είδωλα, όπως τον εξανάγκαζαν.

Αλλά ο Φιλήμων, ενώ μετέβαινε για την θυσία, μετεστράφη και ομολόγησε ότι επίστευσε κι αυτός στον Χριστό. Τότε συνελήφθη, οι στρατιώτες τον εκρέμασαν σε ένα δένδρο και ετόξευσαν κατεπάνω του βέλη, ένα όμως από αυτά λοξοδρόμησε και ετύφλωσε τον ηγεμόνα Αρριανό.

Έπειτα οι δύο Άγιοι και οι υπόλοιποι μάρτυρες απεβίωσαν μαρτυρικά με αποκεφαλισμό. Ο άρχοντας Αρριανός, όμως, όπως του προείπε ο Φιλήμων, πήγε και εζήτησε επάνω από τον τάφο του να τον θεραπεύσει και όταν η επιθυμία του πραγματοποιήθηκε, ο έως πριν λίγο διώκτης επίστευσε στον Χριστό.

Αλλά, ο Διοκλητιανός, όταν έμαθε αυτή την μεταστροφή του, τον συνέλαβε και διέταξε να ριφθεί δεμένος με πέτρα σε χάσμα της γης. Όμως, ο Άγιος, πλέον, Αρριανός σώθηκε με την χάρη του Θεού, αλλά στην συνέχεια απεβίωσε μαρτυρικά με πνιγμό στην θάλασσα, μαζί με άλλους 4 Αγίους, οι οποίοι ήταν προτεκτοράτοι, δηλαδή αξιωματούχοι, και επίστευσαν στον Χριστό όταν είδαν την θαυματουργική διάσωσή του.