Το Σκοπιανό έχει επηρεάσει και τα εκκλησιαστικά ζητήματα. Η Εκκλησία της Ελλάδος απηύθυνε έκκληση προς τον Οικουμενικό Πατριάρχη.

Σε επιστολή της προς τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο, η Ελληνική Ορθόδοξη Εκκλησία, εξέφρασε την ανησυχία της στο αίτημα των αυτοαποκαλούμενων Μακεδόνων στην Ελλάδα για την πραγματοποίηση των Λειτουργιών σε ορισμένες εκκλησίες στη λεγόμενη μακεδονική γλώσσα στην ευαίσθητη περιοχή της Βόρειας Ελλάδας.

«Ως Ορθόδοξοι Χριστιανοί, εθνικά Μακεδόνες στην Ελλάδα, ζητάμε από οι εκκλησίες μας να μπορούν να λειτουργούν στη μητρική σύγχρονη μακεδονική γλώσσα μας, η οποία ανήκει στην ευρύτερη οικογένεια των σλαβικών γλωσσών, των οποίων το αλφάβητο επινοήθηκε τον 9ο αιώνα στη Θεσσαλονίκη από τους Αγίους Κύριλλο και Μεθόδιο», γράφει σε επιστολή του το κόμμα των Σλάβων στην Ελλάδα «Ουράνιο Τόξο», που έστειλε προς τον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο, όπως αναφέρεται στο .

Νωρίτερα, συνεχίζει το νοτιοσλαβικό δημοσίευμα, ο πρύτανης του Πανεπιστημίου «Μακεδονία» της Θεσσαλονίκης, απέρριψε έμμεσα το αίτημα του Ουράνιου Τόξου για μελέτη της μακεδονικής γλώσσας.

Έλληνες καθηγές προειδοποιούν ότι η αναγνώριση της μακεδονικής γλώσσας στη Συνθήκη των Πρεσπών είναι ένα επικίνδυνο λάθος, διότι αυτό «μπορεί να σημαίνει αναγνώριση της μακεδονικής γλώσσας που δεν υπάρχει», σημειώνει το δημοσίευμα.