H Ορθόδοξη Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας, η οποία είναι η μόνη κανονικά αναγνωρισμένη αυτόνομη ορθόδοξη εκκλησία των Σκοπίων, υπάγεται στο Πατριαρχείο της Σερβίας.
Ο πρωθυπουργός της χώρας όμως, Ζόραν Ζάεφ, ζήτησε με επιστολή του στον Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο να την αναγνωριστεί ως αυτοκέφαλη με την ονομασία «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία - Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας».
Μετά την επιστολή του Προέδρου της Δημοκρατίας, Στέβο Πεντάροφσκι, και ο Ζόραν Ζάεφ άσκησε «έκκλητο προσφυγή», ζητώντας από τον πατριάρχη να εξισώσει τους ορθόδοξους χριστιανούς της χώρας με τους άλλους ορθόδοξους χριστιανούς σε ολόκληρο τον κόσμο, ώστε να γίνουν αποδεκτοί από τις όλες τις υπόλοιπες ορθόδοξες εκκλησίες.
«Σεβόμαστε όλα όσα αποτελούν μέρος των διεθνών συνθηκών και περιστάσεων. Ωστόσο, ζητούμε να είμαστε ελεύθεροι εκκλησιαστικώς εντός των συνόρων της χώρας μας και οι αρχιερείς μας να συλλειτουργούν μαζί με τους αρχιερείς όλων των άλλων ορθόδοξων εκκλησιών σε ολόκληρο τον κόσμο», είναι το αίτημα του Σκοπιανού πρωθυπουργού.
Όπως προσθέτει, στην επιστολή του: «Αναμένω να δω τη Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία - Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας να αναγνωρίζεται ως αυτοκέφαλη, έχοντας την ευλογία και την γραπτή απόφαση από την πρώτο μεταξύ ίσων μεταξύ των προκαθημένων των ορθοδόξων εκκλησιών, Οικουμενικό Πατριάρχη Βαρθολομαίο».
Η Ορθόδοξη Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας υπάγεται στο Πατριαρχείο της Σερβίας, αλλά αποφάσισε να αποσχιστεί το 1967. Ωστόσο, η ονομασία «Μακεδονική Ορθόδοξη Εκκλησία» που θέλησε να υιοθετήσει δεν αναγνωρίζεται από καμία ορθόδοξη εκκλησία του κόσμου.
Το σερβικό πατριαρχείο αναγνωρίζει μόνο την Ορθόδοξη Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας, με επικεφαλής τον Ιωάννη, ως την κανονική εκκλησία στα Σκόπια, η οποία βρίσκεται υπό τη δικαιοδοσία του. Σε παλαιότερες διαπραγματεύσεις, το Πατριαρχείο της Σερβίας πρόσφερε ευρεία αυτονομία, όχι όμως και αυτοκέφαλο, με την ονομασία να παραμένει Ορθόδοξη Αρχιεπισκοπή της Αχρίδας. Η πρόταση παραμένει ανοιχτή και αποτελεί την επίσημη θέση της Σερβικής Ορθόδοξης Εκκλησίας.
