Στις 12 Φεβρουαρίου 1955, η κυβέρνηση της Σοβιετικής Ένωσης καθιέρωσε με διάταγμα το Επιστημονικό-Ερευνητικό Πεδίο Δοκιμών Nο.5, στο Μπαϊκονούρ στο Καζακστάν
Το πεδίο δοκιμών εγκαινιάστηκε στις 2 Ιουνίου του 1955 και από εκεί εκτοξεύθηκε τον Μάιο του 1957 ο πρώτος διηπειρωτικός βαλλιστικός πύραυλος στον κόσμο, ο R-7, σχεδιασμένος από τον Ρώσο μηχανικό Σεργκέι Κορολιόφ.
Σύντομα το πεδίο δοκιμών επεκτάθηκε για να συμπεριλάβει εγκαταστάσεις εκτόξευσης για διαστημικές πτήσεις.
Το Μπαϊκονούρ κατασκευάστηκε κρυφά και ολοκληρώθηκε σε πολύ στενό χρονοδιάγραμμα.
Πρόκειται για το μεγαλύτερο αλλά και παλαιότερο διαστημικό κέντρο στον κόσμο.
Το κοσμοδρόμιο καταλαμβάνει μια έκταση 6.717 τ. χλμ. Από εκεί έχουν γίνει περίπου 5.000 εκτοξεύσεις πυραύλων και έχουν αναχωρήσει περισσότεροι από 130 κοσμοναύτες στα 65 χρόνια λειτουργίας του.
Από το Μπαϊκονούρ αναχώρησαν πολλές ιστορικές πτήσεις: ο πρώτος λειτουργικός διηπειρωτικός πύραυλος, ο πρώτος τεχνητός δορυφόρος, Σπούτνικ 1, στις 4 Οκτωβρίου 1957, η πρώτη επανδρωμένη τροχιακή πτήση από τον Γιούρι Γκαγκάριν στις 12 Απριλίου 1961 και η πτήση της πρώτης γυναίκας στο διάστημα, της Βαλεντίνα Τερεσκόβα, το 1963.
Μετά τη διάλυση της Σοβιετικής Ένωσης το 1991 το ρωσικό διαστημικό πρόγραμμα συνέχισε να λειτουργεί από το Μπαϊκονούρ, υπό την αιγίδα της Κοινοπολιτείας Ανεξαρτήτων Κρατών.
Το 1995, η πόλη που περιβάλλει το διαστημικό κέντρο μετονομάστηκε σε Μπαϊκονούρ.
Το 1994 η Ρωσική Ομοσπονδία και το Καζακστάν σύναψαν συμφωνία για την μίσθωση του κοσμοδρομίου, διάρκειας 20 ετών. Το 2004 η μίσθωση του αεροδρομίου παρατάθηκε έως το 2050.
